We kenden al de ‘standaard’ FJR1300A en de FJR1300AS, met automatische koppeling, maar dat was blijkbaar niet genoeg voor Yamaha. Vanaf eind oktober 2013 komt de FJR1300AE, inclusief elektronisch verstelbaar veersysteem, er namelijk bij. Vanwege de elektronisch verstelbare vering geschikt, heeft Yamaha de conventionele voorvork van de FJR1300A vervangen door een nieuwe upside-down voorvork. Met één druk op de knop kun je op de AE zowel vering als schokdemping aanpassen. Om alles een beetje overzichtelijk te houden, heeft Yamaha vier mogelijkheden voorgeprogrammeerd: één persoon, één persoon met bagage, twee personen en twee personen met bagage.
Doordat je bij elke mogelijkheid de demping kunt installen naar comfortabel, standaard of sportief, zijn er in totaal dus twaalf opties beschikbaar. Uiteraard ontbreken Yamaha Chip Controlled-Throttle (YCC-T), traction control en cruise control niet. Verder kun je dankzij de D-Mode ook bij deze tourbuffel de rijmodus instellen naar comfort of sportief. Om het af te maken, zadelhoogte en stuurpositie zijn samen met het windscherm eveneens aanpasbaar. De AE is verder standaard uitgerust met afsluitbare zijkoffers, regelbare handvatverwarming en een 12V-aansluiting. De nieuwe Yamaha wordt leverbaar in Magnetic Bronze en Midnight Black voor 21.999 euro.